离心喷雾干燥机一切正常运作后，还应定时执行备料、定时执行查验各系统软件运作状况，纪录各加工工艺主要参数。完毕时，先要停业整顿加热装置，并用自来水来替代料液以清洗料管残余料液，随后关掉料泵。
当通道溫度减少到100℃下列后能够终止通风机和排风扇的运作。然后清除离心喷雾干燥机和除尘设备内尾料，关掉除尘设备及气锤，后关掉总开关电源，进行生产制造实际操作。如遇紧急状况，须立即停业机器设备。假如突遭断电，应以塔架当然减温，随后开启过滤阀，排空料浆管路内料浆，并清洗机械。
除此之外，应用结束后应将喷雾器盘拆下来，用自来水清理残余化学物质。再用冷水洗不净时，运用软毛刷清洗。由于喷雾器盘里的残余化学物质会产生喷雾器不平衡度，比较严重危害喷嘴的使用期甚至毁坏其他零件。